本着“分工合作，互惠互利”的原则，调动各种资源参与到上海生物样本库的建设中来，采用职能划分，错位分工的思路。建立职能不同，但彼此略有交叉的样本搜集网络。即“上海生物样本库疾病样本搜集网”和“上海生物样本库正常社区人群样本搜集网”和“上海生物样本库信息搜集网”。

        “上海生物样本库疾病样本搜集网”由条件良好的医院组成，在病人签署知情同意的前提下，搜集治疗中产生的病人的组织，血液、体液及其他有科研价值的研究实物及完整的医疗信息。

        “上海生物样本库正常社区人群样本搜集网”由社区医院、体检中心、医学独立实验室组成。通过独立医学实验室对社区医院、体检中心提供技术支持。帮助这些社会医疗服务机构在不损害社会普通群体利益的前提下，根据不同的科研项目需要，有针对性地对健康人群群体样本进行长期健康跟踪，预后随访，并搜集保存体检中产生的血液，尿液等生物样本。

        “上海生物样本库信息搜集网”利用信息通讯技术ICT(Information and Communication Technology)建立一个移动通讯和固网结合的数据搜集网络。骨干网络采用以太网专线(100M/1000M)为主，通过固网VPN实现上海生物样本库信息搜集系统与医院中HIS, LIMS, PACS进行连接，获得其中疾病样本信息。利用3G移动通讯技术覆盖社区，居民及乡村等医疗条件较差，偏远不适合建立网络的地区。实现对这部分群体个人健康情况的长期跟踪管理。